검찰은 또 김용판 전 서울경찰청장에 대해서도 직권남용 혐의와 공직선거법 위반죄를 적용해 역시 불구속 기소하기로 했다.
이진한 서울지검 2차장은 "수사에서 드러나 범죄 혐의내용과 촉박한 공소시효 만료일 등을 감안해 두사람에 대해 불구속 기소하기로 결론을 내렸다"며 나머지 전직 국정원 직원의 비밀 누설 사건과 국정원 여직원 감금 사건 등에 대해서는 수사결과 발표때 일괄적으로 설명하겠다고 밝혔다.
검찰은 원 전 원장이 수십차례에 걸쳐 내부 통신망에 올린 ''지시·강조 사항''을 통해 국정원 직원들이 4대강 사업과 한미 자유무역협정(FTA) 체결, 제주해군기지 건설 등 이명박 정부 정책에 대한 홍보성 댓글·게시물을 달도록 지시함으로써 국정원법상 정치개입금지 규정을 어긴 것으로 판단했다.
또 국정원 직원들이 원 전 원장의 지시를 받고 ''오늘의 유머'' 등의 사이트에서 박근혜 대선 후보에 대한 비판글에 반대 클릭을 해 상위순위로 올라가지 못하게 하는 방법으로 노출을 막고, 일부 댓글.게시글에서는 박 후보를 옹호하거나 문재인, 이정희 등 야권 대선 후보를 비방한 내용을 바탕으로 공직선거법을 위반(공무원 지위를 이용한 선거운동) 한 것으로 결론 지었다.
이와관련 윤석열 수사팀장은 "국정원 중간간부들도 검찰 수사에서 이미 윗선의 지시에 의해서 한 것이라고 시인을 했고 그 지시와 관련된 녹취록도 제출했다"고 말한 바 있다.
이로써 수사팀은 원 전 원장에 대해 공직선거법을 적용해 사전구속영장을 청구하겠다고 법무부에 지난달 27일 전달한 이후 17일 만에 원 전원장에 대한 신병처리 문제를 확정했다.
검찰은 당초 법무부에 원 전 원장에 대해 사전구속영장을 청구하겠다고 보고했지만 황교안 장관은 공직선거법 위반죄를 적용하기에는 무리가 있다며 검찰의 구속 영장 청구방침에 대해 계속 보완조사를 요구해 검찰과 충돌을 빚었고 결국 불구속 기소로 가닥을 잡은 것으로 전해졌다.