전 원내대표는 국회에서 연 고위정책회의에서 이같은 의혹을 제기하면서 "분명히 민간인 사찰을 은폐해온 점이나 국정원 댓글 삭제와 은폐 전과가 있다"고 이명박 정권을 지목한 이유를 밝혔다.
그는 또 "남재준 국정원장이 그렇게 불법복제판을 들고 기세등등 설쳐댔던 배후에 이런 음모가 도사린 건 아닌지 의심 않을 수 없다"고 강조했다.
그러면서 "참여정부 당시 기록물을 담당하고 후임 정권에 이관하고 넘겨줬던 실무책임자는 분명히 기록물이 있었고 넘겨줬다고 증언한다"고 덧붙였다.
특히 "일부에서 노 전 대통령에게 뒤집어 씌우려는 조짐이 있지만 2007년 4월 대통령기록물관리법을 만들어 대통령기록물이라는 그런 지위를 최초로 공식화한 사람이 바로 노 전 대통령과 참여정부"라면서 "참여정부가 이 기록물을 삭제했을 가능성은 전무하다"고 일각의 의혹을 일축했다.
전 원내대표는 또 "매우 엄중한 문제라 속단해서 정치공방을 벌일 게 아니라 추가적인 확인을 거쳐 이 기록물을 찾아내는 모든 노력을 다해야 할 것"이라고 주문했다.
다만, "이 기록물만 현재까지 찾지 못한 걸로 알려져 있지 다른 부분은 이미 순조롭게 진행되고 있기 때문에 NLL과 관련한 진위 공방은 깔끔하게 정리할 수 있지 않을까 하는 기대를 갖고 있다"고 말했다.
참여정부 당시 청와대 춘추관장으로 남북정상회담에 참여했던 서영교 의원은 "국정원에도 한 부가 있는데 대통령기록관에 넘지기 않을 이유가 없다"며 "이명박 대통령 시절에 대통령기록관 관장 등 노무현 전 대통령 시절 기록관으로 있었던 사람들을 모두 내쫓았다"고 주장했다.