이런 이유로 검찰은 국정원 옛 심리정보국 사무실을 중심으로 내부 지시·보고 문건 등 제한된 증거자료만을 확보할 수밖에 없었고, 향후 문제가 된 이른바 '박원순 제압문건' 수사에도 난항을 겪고 있는 것으로 알려져 "국정원이 검찰 수사를 방해했다"는 논란이 일 것으로 예상된다.
국정원과 사정당국 등에 따르면 당시 서울중앙지검 특별수사팀(팀장 윤석열 여주지청장)은 4월 30일 서울 내곡동 국정원 압수수색에서 옛 심리정보국 사무실뿐만 아니라 댓글 작업을 벌인 직원들이 지시·보고 문건을 지휘부와 주고받는데 사용한 것으로 알려진 국정원 메인서버도 압수수색 대상에 포함시킨 것으로 전해졌다.
이를 위해 법원으로부터 압수수색 영장을 발부받은 검찰은 윤석열 팀장과 박형철 공공형사수사부장 등 수사팀 25명을 국정원으로 보내 남재준 국정원장에게 제시했지만 남 원장은 '공무상 비밀에 관한 것'이라며 압수수색을 거부한 것으로 알려졌다.
국정원은 국정원장이 압수수색을 거부할 수 있는 형사소송법을 이유로 내세운 것으로 전해졌다. 형사소송법 제111조 1항은 공무원의 직무상 비밀에 관한 물품 등에 관해서는 해당 관공서의 승낙이 없으면 압수할 수 없도록 정하고 있다.
그러나 2항은 "국가의 중대한 이익을 해하는 경우를 제외하고는 승낙을 거부하지 못한다"며 압수수색 거부를 매우 제한적으로 할 수 있도록 정하고 있다.
이에 검찰은 옛 심리정보국 사무실을 중심으로 일부 내부 지시·보고 문건과 국정원 컴퓨터 전산 자료 등 국정원측이 알아서 제출해주는 제한된 증거자료만을 확보할 수밖에 없었다.
국정원에 대한 압수수색이 사건 발생 4개월이 지나 중요한 증거가 인멸됐을 가능성을 감안하면 국정원이 생산하는 모든 문서가 저장됐던 메인서버에 대한 조사가 필수적이지만 국정원장의 반대로 이 같은 조사가 이뤄지지 못한 것이다.
이런 상황에서 검찰은 사이버 범죄를 담당하는서울 중앙지검의 첨단 수사2부를 총동원한 뒤 각종 인터넷 포탈사이트를 샅샅이 추적해 국정원의 선거개입 혐의를 찾아낸 것으로 전해졌다
이와 관련해 민주사회를위한변호사모임 소속의 박주민 변호사는 "형소법 제111조 2항은 '국가의 중대한 이익을 해할 경우에만 예외적으로 압수수색을 거부할 수 있다'는 의미"라며 "원칙적으로는 압수수색을 거부해서는 안 된다는 것이 형소법 제111조의 취지"라고 설명했다.
이어 "경찰과 검찰 수사를 통해 혐의가 일정 부분 소명된 범죄와 관련된 증거 확보를 위한 검찰의 국정원 압수수색이 국가의 중대한 이익을 해하기 위한 행위는 아니다"라며 "국정원의 주장대로 메인서버에 국정원 직무상 비밀 관련된 문서가 포함돼 있다고 해도 검찰 수사가 국가의 중대한 이익을 해하는 행위가 아니기 때문에 압수수색을 거부하는 것은 부적절하고 거부할 명분도 없다"고 덧붙였다.
지난 5월 19일 민주당 진선미 의원이 공개한 문건에는 '박원순 서울시장이 취임 이후 세금급식 확대, 시립대 등록금 대폭 인하 등의 좌편향·독선적 시정운영으로 민심을 오도, 국정 안정을 저해함은 물론 야세 확산의 기반을 제공해 면밀한 제어방안 강구가 긴요하다'는 내용이 담겨있다.
복사본인 문제의 문건은 메인서버를 통해 직원들에게 하달되는 이른바 '작업지시서'인 것으로 민주당 측은 파악하고 있다.
결국 해당 문건이 국정원에서 작성된 것인지를 확인하기 위해서는 메인서버를 압수수색해야 한다는 의미다.
국정원은 문건 작성자로 지목된 직원에 대한 소환조사에도 반대하고 있어 문건과 관련된 인물들에 대한 검찰 소환조사는 이뤄지지 못하고 있다.
이런 가운데 검찰은 국정원으로부터 제출받은 국정원 문서 고유의 폰트(글자 크기와 서체)와 해당 문건에 대한 비교만을 시행한 뒤 "해당 문건에서 국정원 문서 고유의 폰트가 발견되지 않아 문제의 문건이 국정원 문건이 아니다"라고 잠정 결론을 내린 상태다.
이에 대해 진선미 의원은 "박원순 제압 문건에 대한 실체를 알기 위해서라도 메인 서버를 압수수색해야한다"며 "국정원은 국회 정보위원회에 자료 제출할 때도 원본을 가지고 나올수 없어 재작성해서 가지고 온다. 그런데 민주당에 공개한 문건이 폰트가 다르다는 이유로 자체 생간 문건이 아니라고 하는 것은 말이 안 된다"고 지적했다.