여권 등에서는 이 의원의 전력을 들어 ‘종북 주사파’라며 국회 진출을 결사 반대했다.
민족민주혁명당(민혁당) 사건으로 2002년 5월 체포돼 징역 2년6월형을 선고받고 수감생활을 하다 이듬해 8ㆍ15 광복절 특사로 가석방된 바 있다.
이 의원은 여권의 비판에도 결국 국회에 입성하게 되지만 곧바로 통합진보당 비례대표 부정경선 사건의 중심에 서게 된다. 민족해방(NL) 계열 운동권 조직으로 알려진 경기동부연합 출신 당권파들이 중복․대리 투표로 몰표를 던져 이 의원을 당선시켰다는 의혹이다.
이 사건은 검찰의 통합진보당에 대한 대대적인 수사를 불러오며 ‘종북 논란’이 사회적 이슈로 대두됐다. 또 이 과정에서 이 의원과 김재연 의원의 제명에 실패한 심상정 의원 등 비당권파가 통합진보당에서 탈당해 진보정의당(현 정의당)을 창당하는 사태까지 벌어졌다.
이 의원은 검찰의 전방위 수사 끝에 지난 2010년 광주 및 전남 교육감 선거 등에서 선거비용을 부풀려 국고로부터 부당하게 보전받은 혐의로 지난해 10월 불구속 기소됐다.
그는 지난해 비례대표 당선 직후 언론 인터뷰에서 북한의 3대 세습과 관련해 “내재적 접근론에 공감하는 편”이라고 말했다. 북한 문제는 북한 내부 입장에서 접근해야 한다는 것이다.
이어 같은해 6월에는 기자들과의 오찬 간담회에서 "우리에게는 국가(國歌)가 없다. 애국가는 그냥 나라 사랑을 표현하는 여러 노래 중 하나"라는 발언으로 물의를 일으켰다.
또 올해 4월 국회 대정부질문에서는 “북의 핵 보유로 한반도 문제 해결을 위한 기존 해법은 실패했다고 봐야 한다”며 북한을 핵 보유국으로 인정하는 듯한 발언을 했다.
새누리당과 민주당은 지난 3월 이 의원에 대한 자격심사안을 공동 발의했으며 현재 국회 윤리특위 산하 자격심사소위에 계류 중이다.