윤 원내수석은 "검찰의 중간수사 발표 내용은 한마디로 사초를 폐기하고 개인적으로 빼돌렸다는 게 사실로 확인된 것"이라며 "노무현 정부가 2007년 정상회담 회의록을 마음대로 지우고, 마음대로 빼돌렸다는 것"이라고 말했다.
이어 "도대체 왜 누가, 누구를 시켜서 역사를 폐기했는지, 노무현·김정일 회담에서 뭐가 국민에게 알려지는 게 두려워 애초부터 사초를 지우려 했는지 고백해야 한다"며 "관련자들은 국민과 역사 앞에 진실을 겸허히 밝혀야 하고, 새누리당은 전대미문의 사초폐기 경위와 관련자들의 도의적·정치적·법적 책임이 규명되는 것을 예의주시하겠다"고 밝혔다.
그는 '대화록을 공개해 NLL 논란을 가리자'고 주장했던 민주당 문재인 의원에 대해 "문 의원의 인품을 볼 때 (거짓말을 했던 게 아니라) 기록이 이관되지 않은 것을 몰랐을 수 있다고 생각한다"며 "그렇다면 처음부터 당시 관계자들을 통해 자초지종을 알아보고 미리 대응했어야 했다. 책임지라는 말씀은 못 드리나 스스로 판단해야 할 것"이라고 말했다.
'국가정보원에 한 부가 있으므로 사초폐기가 아니다'라는 민주당 주장에 대해서는 본질을 오도하고 있다는 입장을 밝혔다. 그는 "대통령기록물관리법에 의하면 대통령, 대통령직 인수위 등의 모든 기록물은 당연히 국가기록원으로 이관돼야 한다. 그런데 이관을 안했다"며 "문재인 의원을 비롯해 민주당은 그동안 정상회담 회의록을 '1급 비밀로 정해 이관했다'고 해왔지만, 아닌 것으로 확인됐다. 거짓말로 국민을 우롱한 것"이라고 지적했다.
일부기록에 대한 삭제 논란과 관련해 '최종본을 만들면 초본은 삭제되는 게 당연하다'는 민주당 주장에는 "대통령기록물관리법상 원본도 당연히 보존돼야 한다"고 반박했다.
그러면서 "검찰 발표에서 원본과 수정본에 의미 있는 차이가 있다고 했는데, 원본에는 노 전 대통령 개인적으로나 대한민국 대통령으로서 자존심 상하는 표현이 있어서 내용을 유지하되 표현을 수정해 수정본을 만들었을 것"이라고 추정했다.
윤 원내수석은 '봉하마을에서 반납한 복제본 e-지원에서만 회의록이 발견된 점'에 대해서는 e-지원 원본과 복제본의 내용물이 애초부터 달랐기 때문일 것이라는 취지로 설명했다. 노 전 대통령은 2008년 퇴임하면서 봉하마을로 e-지원 복제본을 가져갔다가, 대통령기록물법 위반 논란이 불거져 결국 복제본을 국가에 반납했다. 당시 검찰은 "e-지원 원본과 복제본이 동일하다"고 밝힌 바 있다.
그는 "2008년 검찰 수사는 이번처럼 삭제물을 복구할 정도까지 철저히 이뤄지지 않은 것같다. 이번 수사팀은 (당시와 달리) 755만건 기록물을 전부 다 봤다고 하지 않느냐"고 말했다.
아울러 "봉하 e-지원은 국가기록원이 단지 관리만 할 뿐, 시스템 접근을 위한 ID와 패스워드는 봉하마을에서 보유하고 있고 봉하의 허락이 없이는 볼 수 없게 돼 있다"며 "여당 열람위원들이 국가기록원에서 봉하 e-지원 열람을 하자고 했을 때 민주당은 '노 전 대통령 개인 소유물(저작)이 있어서 볼 수 없다'고 반대했었다"고 전했다.
윤 전 수석은 '차기 정부에 회의록 열람의 편의를 제공하기 위해 국정원본만 남긴 것'이란 일각의 주장에 대해서는 "당연히 이관토록 규정된 법률을 위반한 것일 뿐 '선의의 삭제'일 수 없다"며 "e-지원의 회의록은 전자파일 형태라 보안에 취약한데, 노 전 대통령이 자신의 위헌성 발언이 쉽게 공개되지 않도록 한 것이 아닌 가 개인적으로 판단한다"고 말했다.
'불리한 발언을 숨기려면 왜 국정원본은 파기하지 않았느냐'에 대해서는 "국정원본이 생산된 2008년 1월이면, 이미 이명박 대통령이 당선된 상태였기 때문에, 정권이 바뀐 상황이라 할 수 없었을 것"이라고 주장했다.