최종본은 초본에서 일부 발언이 누락됐거나 저(低)자세 표현이 삭제됐다는 의혹에 대한 반박으로 풀이된다.
김 본부장은 CBS라디오 '김현정의 뉴스쇼'에 출연해 "국정원에서 (녹취를) 풀었는데 국정원은 정상회담에 자리하지 않았다"며 "그러다보니까 대통령 이외 다른 배석자들이 이야기하는 게 사람이 바뀌어있고 그랬다고 한다. 그런 것들을 바로 잡았다"고 전했다.
당시 회담에 배석했던 이재정 통일부 장관과 김만복 국정원장, 백종천 통일외교안보정책실장 등 발언에서 이름이 뒤바뀌어 있었던 것을 조명균 전 안보정책비서관이 수정한 것이라는 설명이다.
대화록이 국가기록원에서 발견되지 않은 것에 대해서는 "없다고 발표가 나와서 우리도 일단 이해가 안된다"고 입장을 밝혔다.
"사본(봉하 이지원)에 최종본이 있다는 것은 사본을 복사하기 전 청와대 이지원에 최종본이 있었다는 것이고, 그러면 이지원으로는 대화록이 등록됐었다는 얘기 아니냐"고 되짚으면서 "상식적으로는 당연히 기록관으로 넘어가야 한다"면서 한 말이다.
김 본부장은 그러면서 "(검찰이) 지난 2008년 2개월 넘게 대통령기록관에 있는 기록물과 봉하에서 가져간 이지원 사본 기록물을 비교조사하지 않았냐"면서 "만일에 그때 조사가 됐다면 당연히 대화록 같은 중요한 기록물이라면 그때 발견이 됐어야 한다"라고 의문도 제기했다.
봉하 이지원이 대통령기록관으로 반환돼 봉인되면서 "기록관에 넘기지 않고 봉하로만 가져온 것은 없다는 것을 검찰과 잠정 결정한 것"이라고 검찰 발표의 모순도 지적했다.
이어 "폐기라고 하는 것 자체가 말이 안 되는 게 차기 정부가 정상회담 과정에서 참고하라고 국정원에도 남기라고 했다. 일단 기록은 남아 있는 거잖나. 여기에 실종, 은폐, 폐기가 어디 있냐"고 반문하기도 했다.
검찰의 '중간' 수사결과 발표 이후 논란이 확산되는 가운데 "어디에서 문제가 발생했고 그게 규명이 되면 책임 있는 부분인지 아니면 단순한 기술적 착오인지 이런 것들이 증명된 다음에 그걸 놓고 판단을 해야 된다"고 김 본부장은 강조했다.
이번 사태에 대해서는 "도대체 얼마나 국정운영에 자신이 없기에 돌아가신 전직 대통령을 궁지에 몰릴 때마다 이런 꼼수로 빠져나가려고 하느냐"고 강한 불만도 토로했다.
그는 "보이지 않는 손이 있는지는 모르겠는데 저는 여전히 대화록을 둘러싼 공작이 계속 진행중이다, 이렇게 본다"고 했다.