당시 금강에는 4만5000여 마리의 물고기가 떼죽음 당했음에도 환경부와 금강유역환경청 등은 “폐사한 물고기는 3500여마리에 불과하다”거나 “정확한 원인은 알 수 없지만, 정확한 건 4대강 사업과는 무관하다는 것”이라는 답변으로 일관해 언론과 시민단체들로부터 무능하다거나 혹은 과도한 4대강 감싸기라는 지적을 받았었다.
특히 환경부는 이 같은 지적에도 아랑곳하지 않고 원인 조사까지 사실상 포기하는 막무가내 모습을 보였던 터라 이번 조사 결과에 더욱 눈총을 받을 수밖에 없는데, 이를 두고 기자들 사이에서는 “이번 조사 결과는 당시 환경부와 금강유역환경청이 정권 눈치보기에 급급했다는 것을 보여주는 것”이라며 “수 만 마리 물고기 떼죽음에도 정권 눈치만 보는 환경부를 환경부라 불러야 할 지 모르겠다”는 쓴소리들이 오갔다.