검찰이 이런 판단을 한 것은 우선 노 전 대통령의 지시내용에 근거한다.
검찰에 따르면, 조명균 전 안보정책 비서관은 "회의록은 국정원에서 1급비밀로 보관하도록 하라'는 지시와 함께 'e지원시스템에 있는 회의록 파일은 없애도록 하라. 회의록을 청와대에 남겨두지 말라'는 취지로 노 전 대통령이 지시를 했다"고 진술했다고 한다.
노 전 대통령의 이런 지시에 따라 2007년 10월 9일 초본 대화록 파일이 첨부된 문서관리카드가 '삭제 매뉴얼'에 따라 삭제됐다는 것이다.
검찰은 애초 e지원에는 삭제기능 자체가 없었지만 문서 삭제를 위해 e지원 개발회사에 '삭제매뉴얼'을 제공받아 삭제하기에 이르렀다고 밝혔다.
참여정부 측은 초본은 수정본이 있기 때문에 이중문서가 돼 삭제했다고 주장하고 있다. 이부분에 대해서도 검찰은 "호칭·명칭·말투 등은 실제와 다르게 변경됐다"며 "어느한쪽이 더 사료로서의 가치와 의미가 있다고 단정할 수 없다"고 밝혔다.
또 국가기록원 대통령기록관으로 이관되지 않은 수정본 역시 노 전 대통령의 지시에 따른 것이라는 게 검찰의 판단이다.
수정본 역시 지난 2007년 12월 26일부터 정권 이양에 따른 시스템 초기화(셧다운)로 e지원을 통한 자동 이관이 불가능했는데, 셧다운 기간에 등재만 해 놓고 문서를 실제로 넘기지 않았다는 것이다.
자동 이관이 안될 경우 별도로 출력한 문서를 이관해야 하지만 문서를 파쇄기로 없앴다는 게 검찰 조사 결과다.
하지만 참여정부 측은 "조명균 비서관이 등재를 하면 자동으로 이관되는 것으로 알고 별도의 조치를 취하지 않은 실수로 이관이 안됐다"고 반박하고 있다.
검찰은 국정원에 별도의 수정본이 존재하기 때문에 고의 삭제·미이관이 아니라는 참여정부 측 주장도 일축했다.
대통령기록관의 문서 보관과 국정원의 문서 관리는 그 취지가 근본적으로 다르기 때문에 국정원에 존재한다는 이유로 삭제 등이 정당화될 수 없다는 판단이다.
그러나 여전히 참여정부 측은 "대통령기록관에 이전될 경우 후대 대통령이 문서를 보기 어려워 쉽게 참고하라는 차원에서 국정원에 남겨둔 것"이라며 "고의로 문서를 없애려고 했다면 굳이 국정원에 둘 필요가 없다"고 주장하고 있다.