이는 검찰 수사 발표 내용에 포함된 것인데도 검찰은 이 점에 크게 주목하지 않고 '고의 삭제'쪽으로 결론을 내렸다.
검찰 조사에 따르면 노 전 대통령은 지난 2007년 10월 21일 대화록 초안에 대한 처리 의견란에 "수고 많습니다. 다만 내용을 한번 더 다듬어 놓자는 뜻으로 재검토로 합니다"라며 문서를 열람(결재)했다.
열람은 단순히 문서를 열어보는게 아니라 확인·결재하는 것이라는 게 검찰의 설명이다.
노 전 대통령은 특히 '보고서 의견'을 통해 "이 녹취록은 누가 책임지고 한자, 한자 정확하게 다듬고, 녹취록만으로 이해하기 어렵거나 오해가 발생할 가능성이 있는 부분은 각주를 달아서 정확성, 완성도가 높은 대화록으로 정리해 e지원에 올려 두시기 바랍니다"라고 적었다.
노 전 대통령은 이어 "앞으로 회담을 책임질 총리, 경제부총리, 국방장관 등이 공유해야 할 내용이 많은 것 같습니다"라며 이들 국무위원들과도 대화록을 공개해야 한다고 밝혔다.
이런 내용은 노 전 대통령이 대화록 공개를 꺼려 일부러 삭제하고 국가기록원에 이관하지 않았다는 수사 결과와는 사뭇 동떨어지는 내용이다.
검찰은 이런 문서 자료에 대해서는 큰 비중을 두지 않으면서 조명균 전 안보정책비서관이 "회의록은 국정원에서 1급비밀로 보관하도록 하라" "e지원시스템에 있는 회의록을 파일은 없애도록 하라" "회의록을 청와대에 남겨두지 말라"는 취지로 노 전 대통령이 지시했다는 진술을 결정적인 근거로 삼고 있다.
하지만 조 전 비서관은 검찰 수사 결론과는 달리 "노 전 대통령의 삭제 지시가 없었다"고 부인했다.
조 전 비서관은 언론과 인터뷰에서 "처음 진술 당시 잘못된 기억으로 부정확하게 언급을 했다"며 "나중에 검찰에서 (잘못된 기억으로 진술했다는 점을) 다 진술을 했다"고 밝혔다.
참여정부 관계자도 "조 전 비서관이 올 1월에 참고인 조사를 받을 때 부정확한 기억으로 잘못된 진술을 한 부분이 있다"며 "하지만 올 9월과 10월에 1월의 진술을 부정확한 진술이라고 이야기했다"고 밝혔다.
또 검찰은 조 전 비서관의 진술에 근거해 자동 이관이 안되는 정권이양기 시스템초기화 단계에서 올린 수정본에 대해서도 프린트를 해 파쇄했다고 했지만, 참여정부 측에서는 "프린트 파쇄는 없었다"며 상반된 주장을 하고 있다.