새누리당 김회선 의원은 "김용판 전 청장의 무죄 판결문을 수차례 읽었다. 지난 1년간 대한민국을 그렇게 시끄럽게 했던 사건에 대한 법원의 판결을 보면서 허탈했다"며 "판결문을 알기 쉽게 해석하자면 검찰이 소설을 썼다. 또 검찰이 기본이 안돼 있고, 거짓말에 놀아았다"면서 '검찰의 반성'을 요구했다.
김 의원은 "권은희·윤석열 등 소영웅주의자들에게 대한민국이 놀아나는 상황이 안타깝다"며 "'공무원 간첩' 사건도 마찬가지다. 이걸 가지고 호떡집에 불난 것처럼 난리 떨 일이 아니다"라고 덧붙였다.
같은 당 김도읍 의원도 "김용판 수사팀이 부끄럽다. 권은희 한 사람의 주장, 그것도 사실과 다른 추측을 가지고 소설을 쓰고 기소를 한 것"이라며 "민주당에서는 '검사가 정말 잘했다'고 칭송이 줄을 이었다. 그런데 사건을 철두철미하게 확인했다면 이런 정말 창피스러운 공소장이나 판결문은 나오지 않았을 것"이라고 비난했다.
이에 반해 민주당은 서울시 공무원에 대한 간첩사건 조작 의혹을 들어 공세를 폈다. 전해철 의원은 "이 사건은 총체적으로 국정원의 무리한 기획에 의한 것이고, 검찰이 이에 편승한 것이라고 지적한 바 있다"며 "피의자 여동생이 때로는 불법구금을 당하면서 진술을 강요받았고, 검찰은 불리한 증거는 배제한 채 증거를 꾸민 정황이 있다"고 지적했다.
박범계 의원도 "이 사건은 중국에 대한 주권 침해적, 증거날조 사건"이라며 "형사사법 공조조약에 따라 중국 법무부를 거쳐 문서가 법원에 제출되는 게 맞는데도, 국정원을 통했다는 게 매우 수상"하다고 말했다.
박 의원은 공소 검사가 법원에 제출한 증거 문건 상 중국 관인의 모양이 다르다는 점, 중국 공문서식과 다른 표현이 등장하는 점 등을 들어 증거의 조작 가능성을 지적했다.
박지원 의원 역시 '서울시 공무원 사건'과 관련해 "이는 제2의 국정원 댓글사건"이라며 "박정희·전두환 정권 시절 중앙정보부·국가안전기획부처럼 선양에 있는 국정원 직원들이 서류를 조작해 검찰에 보낸 게 아니냐"고 의혹을 제기했다.
황 장관은 "김용판 전 청장 사건은 그동안의 수사 과정이나 판결문을 면밀 검토해 앞으로 공소준비에 철저히 하겠다"면서 "증거 조작 의혹과 관련해서는 만일 검찰이 증거 조작을 했다면 그에 상응한 조치가 있을 것이다. 진상을 밝히는 데 최선을 다하겠다"고 답했다.