일본은 납북자 재조사를 실시하고 그 결과를 명확히 확인해야 한다는 입장을 견지한 반면 북한은 납북자 재조사 착수와 동시에 대북 제재를 완화할 것을 요구한 것으로 알려졌다.
북한이 심각한 우려를 표명한 재일본조선인총연합회(조선총련) 본부 건물의 강제 매각 문제에 관해서 일본 정부는 진행 중인 사법 절차에 개입하기 어렵다는 태도를 고수했다.
교도통신은 첫날과 둘째날 협상이 9시간에 걸쳐 이뤄진 반면 이날 마지막 협상은 약 1시간 만에 끝났다고 분위기를 전했다.
이하라 준이치(伊原純一) 외무성 아시아대양주국장은 협의가 끝나고 나서 "북한이 납치 문제에 관해 논의하지 않고 거부하는 자세는 아니었다"며 양측이 이 문제를 계속 협의해 나가기로 합의했다고 강조했다.
일본 정부는 북한에 납치됐을 가능성을 배제할 수 없는 특정 실종자 문제도 중요 사안으로 거론한 것으로 알려졌다.
또 북한의 핵·미사일 개발 시도가 지역의 긴장을 고조시키는 도발적인 행위라고 지적하고 자제할 것을 촉구했다.
이번 협상에서 북한 측은 송일호 북일 국교정상화교섭 담당 대사가, 일본 측은 이하라 국장이 각각 대표로 참석했다.
북한과 일본은 올해 3월 30∼31일 중국 베이징에서 1년4개월 만에 북일 정부 간 협의를 재개했다.