영화 소수의견은 강제철거 현장에서 일어난 두 젊은이의 죽음을 둘러싸고 대한민국 사상 처음으로 100원짜리 국가배상청구소송을 제기한 변호인단과 검찰의 진실공방을 둘러싼 법정 드라마다.
생존권이 걸린, 전쟁터를 방불케 하는 강제철거 현장에서 나이 열여섯의 철거민 소년과 스무 살 의경이 죽는다. 그리고, 죽은 철거민 소년의 아버지 박재호(이경영)가 의경의 살해 혐의로 체포된다.
경찰은 철거용역이 소년을 죽였다고 발표하지만, 피고인인 아버지는 첫 접견에서 변호인 윤진원(윤계상)에게 "내 아들 죽인 놈들, 그 깡패 새끼가 아니라 경찰이요"라며 아들의 죽음이 조작됐음을 말한다.
소수의견의 예고편은 검찰로 대표되는 국가 권력이 거짓말을 하고 있다는, 한 힘없는 아버지의 고발로 시작된다.
이어 변호인이 국선임을 알고 "잘 됐네"라며 안심하고 "살살 합시다"라고 변호인을 달래는 듯하는 검찰 홍재덕(김의성), 왜 검찰이 적극적인 가담자인지 의아해 하는 진원의 선배이자 동료 변호사인 장대석(유해진), 그리고 핏자국 하나 없이 깨끗하게 치워진 현장에 의문을 품는 기자 공수경(김옥빈)의 모습이 등장한다.
결국 윤진원과 장대석, 두 변호인은 아버지가 말하고자 하는 진실을 밝힐 수단으로 국가배상청구소송을 제기하고, 배상액으로 100원을 청구한다. 100원짜리 동전 한 개를 받아도 좋으니, 국가가 잘못을 인정하라는 것이다.
"이 재판에서 저희는, 검찰이 무엇을 감추고자 하는지 그것을 밝히겠습니다"라는 진원의 마지막 대사는 청구금액 100원으로 상징되는, 대한민국에서의 진실의 무게와 맞물려 큰 울림을 준다.