조사 내용 보고 누락 의혹의 골자는 공소장 유출 논란에 대한 진상조사를 이어온 대검 감찰부가 이 고검장 측근으로 분류되는 A검사장 등의 컴퓨터에서 '공소장 내용이 담긴 워드파일'까지 발견했음에도 한 부장 지시로 이 내용을 배제한 채 법무부에 중간보고를 했다는 것이다. 친정부 성향의 한 부장이 이 고검장 측근 조사 내용을 의도적으로 덮은 것 아니냐는 논란으로 이어졌다.
한 부장은 이 같은 의혹 내용을 보도한 언론사 기자를 고소했다고 10일 밝혔다. 그는 자신의 페이스북에 글을 올려 "출판물 등에 의한 명예훼손죄로 형사처벌을 구하는 고소장을 관할 경찰서에 어제 제출했다"며 "명백한 허위보도로 제 인권과 명예를 심각하게 침해했다"고 말했다. 보고 배제 지시를 한 적도, 워드파일이 발견된 적도 없다는 입장으로 파악된다.
다만 한 부장의 강경 대응에도 불구하고 검찰 안팎에선 당시 A검사장 관련 조사 내용 가운데 법무부에 중간 보고되지 않은 대목이 존재한다는 증언은 이어지고 있다. 시민단체인 법치주의바로세우기행동연대는 같은 날 이번 의혹 내용을 근거로 "명시적, 또는 묵시적 지시 없이 중대한 감찰 사실이 누락되는 것은 불가능하다"며 한 부장을 검찰에 고발했다.
이런 가운데 박범계 법무부 장관은 감찰부 보고 누락 의혹과 관련 "현재까지는 크게 문제가 없는 것 같다"며 "중요한 건 (공소장) 유출이 어떻게 됐냐는 것"이라고 말해 사실상 한 부장 측에 힘을 실었다. 반면 이성윤 고검장을 수사해 지난 5월 재판에 넘겼던 당시 수원지검 수사팀은 대검 감찰부가 진상조사 자료를 공개해야 한다며 관련 절차를 밟고 있다. 이들은 감찰부 조사 과정에서 수사팀의 결백함이 입증됐음에도, 최근 고위공직자범죄수사처(공수처)가 공소장 유출 의혹과 관련 자신들에 대한 압수수색을 단행하는 등 표적수사를 했다고 반발하고 있다. 수사팀원들은 전날 대검 감찰부에 정보공개 청구를 했다. 이와는 별도로 수원지검도 진상조사 내용을 공개하라는 취지의 공문을 대검 감찰부에 보낸 것으로 파악됐다.