통영해양경찰서에 따르면 사고 발생 이틀째인 26일 해경함정 9척을 포함해 민·관·군 총 16척의 함선과 항공기 2기를 동원해 수색작업이 진행 중이지만 현재까지 실종자는 발견하지 못했다.
해경은 표류예측시스템을 활용해 실종자의 표류방향을 예측하고 사고해역으로부터 수색 범위를 확대해 수색작업을 벌이고 있다.
해경은 또 침몰한 어선을 찾기 위해 중앙해양특수구조단 잠수지원함과 군산대 실습선, 해군 광양함 소나를 이용해 수중탐색을 진행해 수심 약 50m에서 침몰한 대형선망운반선 A호로 추정되는 물체를 발견했다.